En concertation avec le chef d'établissement et les enseignants, l'équipe médico-scolaire organise des actions de prévention et d'éducation à la santé au sein même de l'établissement. Les thèmes abordés sont divers, tels l'hygiène bucco-dentaire, l'équilibre alimentaire, la maltraitance, la puberté, la sexualité, le tabagisme, l'alcool, les drogues. Elle peut aussi organiser certaines formations pour les enseignants, par exemple une formation aux gestes de premiers secours.
L'équipe médico-scolaire participe également à la surveillance de l'environnement scolaire en matière d'hygiène et de sécurité. En cas d'événements graves ou traumatisants survenant dans la communauté scolaire (épidémies, alertes de santé publique, accidents, par exemple), elle organise des dispositifs d'intervention adaptés.