Chaque établissement scolaire (écoles maternelles, écoles primaires, collèges et lycées) doit posséder dans ses locaux un service de médecine scolaire assuré par des professionnels de santé spécialisés. Cette équipe est constituée de médecins scolaires (désormais appelés "médecins de l'Éducation nationale"), d'infirmières, de secrétaires médico-scolaires et d'assistantes sociales qui font partie intégrante de l'équipe éducative d'un établissement.

Ces professionnels de santé sont rattachés à un centre médico-scolaire lié à un secteur géographique. La plupart du temps, ils interviennent sur plusieurs établissements. Comme tous les professionnels de la santé, les membres de l'équipe médico-scolaire agissent sous couvert du secret médical et professionnel.

La fonction de la médecine scolaire ne se résume pas aux soins ponctuels dispensés aux élèves. Elle assure également des missions en lien avec le suivi médical des enfants :

- l'organisation des bilans de santé, en particulier l'examen obligatoire à l'âge de six ans, et d'examens médicaux périodiques, notamment au moment de l'orientation scolaire et professionnelle ;
- la mise en place d'un dossier de santé pour chacun des élèves, avec contrôle des vaccinations;
- l'identification des élèves en difficulté et de ceux souffrant de troubles du développement, du langage ou de l'apprentissage ;
- l'organisation du suivi médical des enfants handicapés ou souffrant de maladies chroniques, avec la mise en place de projets d'accueil individualisé et de mesures d'intégration.

Si votre enfant présente un problème particulier de nature à constituer un risque (asthme, diabète, allergies, épilepsie, troubles du comportement, par exemple), l'équipe médico-scolaire est votre partenaire dans le suivi quotidien de sa santé.

En concertation avec le chef d'établissement et les enseignants, l'équipe médico-scolaire organise des actions de prévention et d'éducation à la santé au sein même de l'établissement. Les thèmes abordés sont divers, tels l'hygiène bucco-dentaire, l'équilibre alimentaire, la maltraitance, la puberté, la sexualité, le tabagisme, l'alcool, les drogues. Elle peut aussi organiser certaines formations pour les enseignants, par exemple une formation aux gestes de premiers secours.

L'équipe médico-scolaire participe également à la surveillance de l'environnement scolaire en matière d'hygiène et de sécurité. En cas d'événements graves ou traumatisants survenant dans la communauté scolaire (épidémies, alertes de santé publique, accidents, par exemple), elle organise des dispositifs d'intervention adaptés.

Les parents sont tenus d'avertir l'établissement scolaire de leur enfant dès la première demi-journée d'absence pour cause de maladie, en particulier s'il s'agit d'une maladie contagieuse. Certaines de ces maladies imposent l'éviction scolaire : l'enfant ne doit pas se présenter en classe. Pour d'autres maladies contagieuses, cette éviction est laissée à l'appréciation du médecin.

L'absence doit être signifiée par écrit sur le carnet de liaison ou sur papier libre. Au-delà d'une absence de trois jours, le retour en classe nécessite un certificat médical mais, sauf cas exceptionnel, l'établissement scolaire n'a pas à exiger un certificat de non contagion.

L'équipe médico-scolaire a également un devoir d'alerte en cas de problème de maltraitance (violences physiques, morales ou sexuelles) ou de négligence de la part des parents (alimentation, hygiène, éducation, sécurité, par exemple). Si elle constate de tels agissements, elle est tenue d'en avertir les autorités concernées (instances policières et judiciaires, services sociaux, etc.).

Les médecins de l'Éducation nationale ont un rôle important de conseillers techniques en matière de prévention sanitaire auprès des inspecteurs de l'Éducation nationale, des chefs d'établissement et des directeurs d'écoles. Ils participent à divers conseils et commissions au sein de l'institution scolaire.