Il arrive que le système immunitaire chargé de lutter, entre autres, contre les micro-organismes, considère une substance habituellement anodine comme un corps étranger à éliminer. Lorsque la substance allergisante (par exemple des grains de pollen) entre en contact avec des cellules des muqueuses, certaines cellules voisines libèrent dans le sang de l'histamine, un composé qui provoque les manifestations de l'allergie. L'histamine occupe de nombreuses fonctions dans le corps humain. Elle intervient dans la sécrétion gastrique, la régulation de la vigilance et joue un rôle majeur dans le déclenchement des réactions allergiques. On la trouve dans tous les tissus de l'organisme, mais plus particulièrement dans les poumons, le foie et la peau.
Le plus souvent, le rhume des foins est une allergie saisonnière liée à la production de pollen lors de la floraison. Les pollens peuvent se révéler très allergisants et sont aéroportés, c'est-à-dire qu'ils flottent dans l'air et sont transportés à distance ; d'où la quasi-impossibilité de les éviter. Ils constituent une cause fréquente de rhume des foins dont les symptômes apparaissent principalement lors de la floraison : de février à avril pour les pollens d'arbres (cyprès, bouleau), de mai à juillet pour ceux des graminées (foin) et d'août à octobre pour les herbacées (herbes des fossés, fleurs, etc.).
Cependant, d'autres substances peuvent provoquer des rhinites allergiques, tels les acariens et leurs déchets, les poils d'animaux, ou certaines substances chimiques. L'allergie peut alors se manifester toute l'année, elle est dite perannuelle.
Le nombre de personnes allergiques est en augmentation constante en France. Les allergies ont souvent une origine familiale mais d'autres facteurs peuvent favoriser son apparition : alimentation et conditions de vie pendant la petite enfance, pollution, usage professionnel de matières allergisantes, etc.
En cas d'allergie aux animaux, les symptômes habituels de la rhinite allergique peuvent s'accompagner d'urticaire avec rougeurs et démangeaisons. Les responsables de l'allergie ne sont pas directement les poils de l'animal. Ce sont les particules de peau, de salive ou d'urine séchée déposées sur les poils. Les animaux principalement responsables d'allergie sont les chats et les rongeurs (cobaye, hamster, rat, souris) et le lapin. Mais on rencontre également des allergies aux chiens, au cheval ou à d'autres animaux domestiques. Si l'allergie est provoquée par un animal qui vous appartient, il faut probablement vous en séparer car l'allergie peut s'aggraver jusqu'à provoquer de l'asthme, en particulier lorsqu'il s'agit d'un chat.