Dans 80 % des cas, la spondylarthrite commence par des douleurs dans le bas du dos (lombalgies) ou des douleurs dans les fesses. Ces douleurs, présentes à droite, à gauche, ou des deux côtés, sont provoquées par l'inflammation des articulations entre le bas de la colonne vertébrale (sacrum) et le bassin. Elles ressemblent fortement aux douleurs dites « sciatiques ».
L'une des caractéristiques des douleurs liées à la spondylarthrite est leur plus forte intensité en milieu de nuit, au réveil et dans les premières heures d'activité. Contrairement aux douleurs liées à l'arthrose, elles ne sont pas soulagées par le repos.
La spondylarthrite évolue par poussées pendant lesquelles les douleurs peuvent s'étendre à d'autres articulations, voire à des ligaments comme, par exemple, le tendon d’Achille.
Des signes plus généraux peuvent également être présents lors de spondylarthrite : fatigue (souvent présente), perte d'appétit, perte de poids, fièvre, sueurs nocturnes, etc.
La spondylarthrite peut également se traduire par des symptômes touchant d'autres organes que les articulations : inflammation d’un œil (« uvéite »), psoriasis, maladie de Crohn ou rectocolite hémorragique, troubles cardiaques, etc.