Il existe plusieurs espèces de Plasmodium à travers le monde. Plasmodium falciparum est l'espèce la plus fréquente et la plus dangereuse, car elle est responsable de complications graves et de décès. Elle sévit principalement en Afrique, mais également en Amérique centrale et du Sud, ainsi que dans les forêts d'Asie. Les traitements préventifs visent surtout à éviter les infections par Plasmodium falciparum. Il est dangereux de partir dans une zone de transmission intense de cette espèce sans la prise régulière d'une chimioprophylaxie adaptée.
Les autres espèces de Plasmodium sont moins dangereuses. Plasmodium vivax sévit surtout en Asie, en Amérique et en Afrique de l'Est et Plasmodium ovale principalement en Afrique centrale et de l'Ouest : ces deux espèces provoquent une maladie dont l'évolution est en général bénigne (les crises cessent rapidement). Plasmodium malariae se rencontre rarement et l'évolution de l'infection par cette espèce est également bénigne. Les crises dues à ces trois variétés de Plasmodium peuvent apparaître plusieurs années après la contamination.
Après des années d'utilisation des plus anciens traitements antipaludiques, certaines souches de Plasmodium ont acquis une résistance aux médicaments, en particulier Plasmodium falciparum. Ainsi, un classement des pays a été établi selon le type et la fréquence des résistances du parasite aux antipaludiques. Cette classification permet à votre médecin de vous prescrire une chimioprophylaxie adaptée à votre destination, mais aussi à la saison à laquelle s'effectue le voyage, ainsi qu'à la durée et aux modalités de votre séjour. En effet, un traitement préventif n'est pas toujours nécessaire si vous restez dans les grandes villes, en altitude ou encore si votre séjour est de courte durée en zone de faible risque de transmission. Dans ces cas particuliers, votre médecin pourra décider qu'une chimioprophylaxie n'est pas indispensable, à condition de respecter scrupuleusement les règles de protection contre les moustiques et de rester vigilant sur un éventuel accès de fièvre, que ce soit sur place ou durant les mois qui suivent le retour.
Pour les séjours de longue durée (plus de trois mois), la chimioprophylaxie doit être poursuivie le plus longtemps possible même si, selon l'évaluation du risque local, des aménagements sont possibles. Ainsi, un médecin spécialiste pourra vous conseiller dans certains cas une prise intermittente de médicaments, pour certains déplacements ou pendant la saison des pluies par exemple. Néanmoins, il faudra rester vigilant sur un éventuel accès de fièvre qu'il faut toujours considérer comme possiblement due au paludisme, sur place et au moins deux mois après votre retour.
Le médecin prend également en considération les caractéristiques propres au voyageur dans le choix d'une chimioprophylaxie adaptée : son âge, ses antécédents médicaux, d'éventuelles interactions avec des médicaments pris par ailleurs (par exemple dans le cas d'une maladie chronique), une grossesse ou son éventualité, ou encore une intolérance à certains antipaludiques.