La plupart des personnes qui ont été infectées par les virus responsables de condylomes parviennent à l'éliminer sans qu'il y ait eu de symptômes. Certaines développent des symptômes, puis éliminent le virus après traitement. Enfin, dans certains cas, ces virus persistent sans provoquer d'autres désagréments.
Chez certains patients, des souches particulières de ce virus peuvent favoriser l'apparition de cancers à partir des cellules infectées : cancer du col de l'utérus, de la vulve, de l'anus, du rectum, et parfois du pénis ou de la gorge. Une infection persistante avec ce type de virus amène les cellules infectées à se transformer en cellules dites "précancéreuses" puis en cellules cancéreuses.
Le tabagisme, l'âge et la pilule contraceptive favorisent l'apparition du cancer à partir des lésions produites par les virus, en particulier dans le cas du cancer du col de l'utérus. Ce risque est également augmenté chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli (chimiothérapie anticancéreuse, personnes greffées, infection par le VIH/sida).
Chez les femmes enceintes porteuses de condylomes, une contamination de l'enfant peut se produire lors de l'accouchement et provoquer des verrues dans la bouche du nourrisson.